多数的污水处理微生物以污染物为食，比如碳水化合物类、蛋白质类和脂肪类等污染物，都能被各种污水处理微生物反应，使其成为自身生长繁殖的养分。而利用光合菌和芽孢杆菌等，能将恶臭气体硫化氢转化成自身生长所需要的硫元素，进而达到防臭的目的。
污水处理菌种本身具有的多糖类黏性物质，能利用来吸附环境中的污染物，此种特性常被运用来对重金属离子的吸附。
甘度菌种经过特殊微生物污水处理菌群进入到污水中时，会成为环境中的优势菌，能控制病原菌等病菌的生长，比如乳酸菌等成为优势菌后，就能控制环境中大肠杆菌等的生长，从而减少氨气等臭味的产生。
